Cluster do LICC

O LICC-IM/UFRGS conta também com um "cluster" de quatro processadores Pentium IV 2GHz com 256MBytes de memória e 20GBytes em disco cada, interligados através de um "switch" a 100Mbps e dotado de compiladores de alto desempenho HPF, Fortran90/95 e C, para o desenvolvimento de pesquisas na área de computação paralela, nas áreas de álgebra linear computacional e dinâmica de fluidos computacional.

O cluster é composto por 4 máquinas que possuem o mesmo hardware: tunnan, lansen, draken, viggen (alguns softwares estão instalados apenas em alguma das máquinas, p.ex., o programa jumpshot está instalado na viggen.) Instruções para utilizar o cluster em paralelo

1. Requisitar uma conta de usuário nas 4 máquinas: tunnan, lansen, draken, viggen.
2. Conectar-se a uma máquina através de uma das 3 alternativas:
   • localmente: utilize uma das 4 máquinas diretamente fornecendo o usuário e senha.
   • em uma das máquinas do departamento de matemática: utilize o SSH para conectar-se a uma das 4 máquinas.
   • fora do departamento de matemática: utilize o SSH para conectar-se a euler (ou outra máquina do DMPA que permita acesso externo). Depois, utilize o SSH para conectar-se a uma das máquinas do cluster (note que o usuário e senha da euler pode ser diferente).

Utilizando o SSH

Conectando-se remotamente a uma máquina: login

• Em Linux: utilize um cliente SSH (p.ex. openssh); exemplo de uso:

ssh usuario@euler.mat.ufrgs.br

• Em Windows: utilize um cliente PUTTY; (256Kb ) (mostre-me)

Transferência de arquivos

• Em Linux: SCP, um serviço embutido no mesmo cliente openssh; Ex. uso:

scp arquivo.txt usuario@euler.mat.ufrgs.br:~ 

scp usuario@euler.mat.ufrgs.br:~/arquivo.txt

scp -r usuario@euler.mat.ufrgs.br:~/diretorio . 

• Em Windows, tecnologia SFTP, via cliente PSFTP da distribuição PUTTY; (412Kb ) (mostre-me)
• Em Windows, tecnologia SFTP, via cliente WINSCP da distribuição FREEWARE WinSCP; (1.48Mb ) (mostre-me)
• Em sistemas com Java instaldo (JDK), tecnologia SFTP combinada com Java, via cliente MindTerm (bin-1.2Mb, doc-1.6Mb)

Configurações

1. Mude para o seu diretório home

 [usuario@viggen] cd 

1. Crie um arquivo .mpd.conf

 [usuario@viggen] vi .mpd.conf

informando uma palavra chave para o MPD

 MPD_SECRETWORD=senhaparampi
                     

1. Mude o acesso para o arquivo

 [usuario@viggen] chmod 600 mpd.conf

1. Crie um arquivo .mpd.hosts

 [usuario@viggen] vi .mpd.hosts

informando o nome das máquinas que formam o cluster

 tunnan.mat.ufrgs.br
 draken.mat.ufrgs.br
 viggen.mat.ufrgs.br
 lansen.mat.ufrgs.br
                   

1. Crie um arquivo .rhosts

 [usuario@viggen] vi .rhosts

com o nome das máquinas que formam o cluster e o seu nome de usuario informando que esse usuário pode ter acesso a sua conta através de rsh

 tunnan.mat.ufrgs.br usuario
 draken.mat.ufrgs.br usuario
 viggen.mat.ufrgs.br usuario
 lansen.mat.ufrgs.br usuario
                   

Inicializando o cluster

1. Antes de rodar um programa em paralelo é necessário conectar as máquinas em paralelo. Com as máquinas ligadas (apenas uma vez a cada sessão), digite

 [usuario@viggen]$ mpdboot -n 4 -f ~/.mpd.hosts --rsh=rsh

1. Para verificar que tudo está funcionando corretamente, digite

 [usuario@viggen]$ mpdtrace

A resposta desse comando deve ser algo como a lista das 4 máquinas

 tunnan
 viggen
 draken
 lansen
                     

Compilando e rodando um programa em paralelo

1. Crie um programa inicial, digitando

 [usuario@viggen]$ vi hellompi.f90

com o seguinte código:

 program hellompi
 implicit none
 include "mpif.h"
 integer    ::  np, myid, ier
      
 call MPI_Init( ier )
 call MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, np,   ier)
 call MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, myid, ier)

 print *,"Sou o processo ", myid," de um total de ", np
 call MPI_Finalize( ier )
 end program
                     

1. Para compilar o programa, digite

 [usuario@viggen]$ mpif90 hellompi.f90 -o hellompi

1. Para rodar o programa, digite

 [usuario@viggen]$ mpiexec -n 4 ./hellompi &

Utilizando o MPE

1. Para compilar o programa, digite

     [usuario@viggen]$ mpif90 hellompi.f90 -o hellompi -mpe=mpilog

1. Para rodar o programa, digite

     [usuario@viggen]$ mpiexec -n 4 ./hellompi &

1. Depois de rodar o programa, um arquivo Unknows.clog2 foi criado. Para visualizar a iteracao entre os computadores, digite

     [usuario@viggen]$ jumpshot Unknown.clog2