Minicluster:Linux
O pacote MPICH2 é fornecido para os Linux:
- Debian 1.2.1
- Ubuntu 1.2 (based on Debian)
- Fedora/RHEL/CentOS 1.2.1
- Gentoo
- FreeBSD 1.2.1
Uma opinião do controle de Tsunamis
- [1] We tried several Linux flavours, including Red Hat, Mandrake, Fedora etc,...Debian as the most stable in servers, especially when things are being done pretty much in automatic mode. In our workstations the preference among programmers is Ubuntu, which is basically Debian-based...
Mesmo assim, não há preferências claras e acabamos escolhendo o Fedora pois possui ampla documentação na internet e está em continua atualização. No momento a versão atual é Fedora 25 e a máquina possui arquitetura x86-64.
- Para versão Fedora13, ver Minicluster:Linux:Fedora13
Índice
Fedora25
- Download do Fedora-25-Workstation 64 bits.
- Selecionar o drive: (ATA ST32500318AS) com tamanho 238475 MB (Serial Number 9VY0K045)
Partições
Criar as partições.
- Selecionar Create custom layout. Crie as partições:
- /boot: 1000 MiB, ext4, /sda1
- /home: 5 GiB, ext4, /sda2
- /: 50 GiB, ext4, /sda3
- /swap: 5 GiB, swap, /sda5
Seta o nome da máquina mestre:
hostnamectl set-hostname one
Pacotes Fedora 25
- Atualizar os pacotes do Linux depois da instalacão:
dnf update dnf dnf update
- Instalar um desktop mais leve:
dnf group install lxde-desktop
- Remover
dnf remove vim-minimal # conflito com o vim-enhanced abaixo
- Instalar
dnf install sudo # removido com o comando acima? dnf install htop atop dnf install vim-enhanced emacs dnf install terminator dnf install gcc-gfortran gcc-g++ dnf install mariadb php dnf install wol # Pacote WakeOnLan
- Instalar gcc 4.9
- Ativar ssh
systemctl enable sshd.service # habilita iniciar no boot systemctl start sshd.service # inicia o sshd
- Outros:
- Linux:Pacotes, firefox, java-1.x.x, thunderbird, cmake...,
MPI
Instalar openmpi. Ver [2]. (No F13 tinhamos mpich2 e mpich2-devel)
dnf install openmpi
Configurações: mestre e escravo
- Desabilitar alguns serviços (ver Serviços):
systemctl disable bluetooth.service
- Outros servicos desabilitados no fedora13: ip6tables,irda, speech-dispatcherd, btseed, bttrack, dc-client, dc-server (desabilitados nos escravos fedora13: cups)
- Configurações para todos os usuários
- Na inicialização:
[root@one]$ vi /etc/profile.d/usuarios.sh
# configuracoes pessoais
if [ "$PS1" ]; then
PS1="[\u@\h:\l \W]\\$ ";
if [ `id -u` = "0" ]; then
PS1='\[\033[01;31m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
else
PS1='\[\033[01;33m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
fi
fi
PATH=$PATH:$HOME/bin
export PATH
alias vi=vim
# LANG="en_US.UTF-8"
Dica: O que estiver no diretório /etc/skel (testar) é copiado para todos os usuários.
Configurações: mestre
Placa de rede e Internet
Na máquina mestre foi adicionada uma placa de rede extra para comunicação com o exterior (na verdade essa está ligada ao switch e a placa onboard está ligada a web).
Apenas na primeira vez foi necessário liberar a placa de rede onboard para acessar a rede UFRGS
- Usando o Firefox, foi informado o nome da máquina one
- A máquina mestre recebeu o IP 143.54.226.116
Hostnames
[root@one]$ vi /etc/hosts # hostname um.phantom added to /etc/hosts by anaconda 127.0.0.1 localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4 one.matrix ::1 localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6 one.matrix 192.168.0.100 cell100.matrix cell100 192.168.0.101 cell101.matrix cell101 192.168.0.102 cell102.matrix cell102 143.54.226.61 euler.mat.ufrgs.br euler 143.54.226.118 hunter.mat.ufrgs.br hunter
Firewall
Foi necessário desativar o firewall do linux (configurar de maneira correta seria uma opção melhor, mas para o momento deixamos sem [3])
[root@one]$ systemctl status firewalld [root@one]$ systemctl disable firewalld
Se for necessário reiniciar use:
[root@one]$ systemctl enable firewalld
Veja em [4] ou mais antigos [5] e [6] e followups.
SELinux
Off no momento. Veja SELinux.
Usuários e grupos
Mudar o grupo 500 para grupo docentes e adicionar o grupo 501 alunos,
[root@one]$ groupmod -g 500 -n docentes dago [root@one]$ groupadd -g 501 alunos [root@one]$ grep 50[0-1] /etc/group docentes:x:500: alunos:x:501:
Escravo: Configurações
Update e Instalação
Não possui acesso a internet. Existem várias possibilidades, porém estou tentando o seguinte:
- Baixar os pacotes .rpm necessários na máquina mestre e copiá-los para a máquina escravo.
tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm
- Importar as keys necessárias para instalar os pacotes (não instalou direito usando apenas rpm):
[root@cell100]$ rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-fedora-x86_64
ou melhor ainda, editar /etc/yum.conf para não reclamar sobre signature files
[root@cell100]$ vi /etc/yum.conf .. gpgcheck=0 ..
- Instalar usando yum
[root@cell100]$ yum localinstall tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates [root@cell100]$ yum localinstall environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates [root@cell100]$ yum localinstall mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates [root@cell100]$ yum localinstall mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
Two cores ALIVE
grep -i core /proc/cpuinfo model name : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU E7500 @ 2.93GHz core id : 0 cpu cores : 2 model name : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU E7500 @ 2.93GHz core id : 1 cpu cores : 2
Com o comanto htop podemos ver os processos rodando por cpu. Também top, atop.
Kernel
Último kernel instalado:
[root]$ uname -a Linux one 4.8.6-300.fc25.x86_64 #1 SMP Tue Nov 1 12:36:38 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
Veja também
- Voltar a Minicluster
- Minicluster:Hardware
