Edição das 21h08min de 27 de junho de 2017

O pacote MPICH2 é fornecido para os Linux:

• Debian 1.2.1
  • Ubuntu 1.2 (based on Debian)
• Fedora/RHEL/CentOS 1.2.1
• Gentoo
• FreeBSD 1.2.1

Uma opinião do controle de Tsunamis

• [1] We tried several Linux flavours, including Red Hat, Mandrake, Fedora etc,...Debian as the most stable in servers, especially when things are being done pretty much in automatic mode. In our workstations the preference among programmers is Ubuntu, which is basically Debian-based...

Mesmo assim, não há preferências claras e acabamos escolhendo o Fedora pois possui ampla documentação na internet e está em continua atualização. No momento a versão atual é Fedora 25 e a máquina possui arquitetura x86-64.

• Para versão Fedora13, ver Minicluster:Linux:Fedora13

Fedora25

• Download do Fedora-25-Workstation 64 bits.
• Selecionar o drive: (ATA ST32500318AS) com tamanho 238475 MB (Serial Number 9VY0K045)

Partições

Criar as partições.

• Selecionar Create custom layout. Crie as partições:
  • /boot: 1000 MiB, ext4, /sda1
  • /home: 5 GiB, ext4, /sda2
  • /: 50 GiB, ext4, /sda3
  • /swap: 5 GiB, swap, /sda5

Seta o nome da máquina mestre:

hostnamectl set-hostname one

Pacotes Fedora 25

• Atualizar os pacotes do Linux depois da instalacão:

dnf update dnf
dnf update

• Instalar um desktop mais leve:

dnf group install lxde-desktop

• Remover

dnf remove vim-minimal         # conflito com o vim-enhanced abaixo

• Instalar

dnf install sudo               # removido com o comando acima?
dnf install htop atop
dnf install vim-enhanced  emacs
dnf install terminator
dnf install gcc-gfortran gcc-g++
dnf install mariadb php
dnf install wol                 # Pacote WakeOnLan

• Instalar gcc 4.9
  • Minicluster:Gcc49

• Ativar ssh

systemctl enable sshd.service  # habilita iniciar no boot
systemctl start  sshd.service  # inicia o sshd

• Outros:
  • Linux:Pacotes, firefox, java-1.x.x, thunderbird, cmake...,

MPI

Instalar openmpi. Ver [2]. (No F13 tinhamos mpich2 e mpich2-devel)

dnf install openmpi

Configurações: mestre e escravo

• Desabilitar alguns serviços (ver Serviços):

systemctl disable bluetooth.service

• Outros servicos desabilitados no fedora13: ip6tables,irda, speech-dispatcherd, btseed, bttrack, dc-client, dc-server (desabilitados nos escravos fedora13: cups)

• Configurações para todos os usuários
  • Na inicialização:

[root@one]$ vi /etc/profile.d/usuarios.sh
#   configuracoes pessoais
if [ "$PS1" ]; then
  PS1="[\u@\h:\l \W]\\$ ";
  if [ `id -u` = "0" ]; then
    PS1='\[\033[01;31m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
  else
    PS1='\[\033[01;33m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
  fi
fi

PATH=$PATH:$HOME/bin
export PATH

alias vi=vim
# LANG="en_US.UTF-8"

Dica: O que estiver no diretório /etc/skel (testar) é copiado para todos os usuários.

Configurações: mestre

Placa de rede e Internet

Na máquina mestre foi adicionada uma placa de rede extra para comunicação com o exterior (na verdade essa está ligada ao switch e a placa onboard está ligada a web).

Apenas na primeira vez foi necessário liberar a placa de rede onboard para acessar a rede UFRGS

• Usando o Firefox, foi informado o nome da máquina one
• A máquina mestre recebeu o IP 143.54.226.116

Hostnames

[root@one]$ vi /etc/hosts
# hostname um.phantom added to /etc/hosts by anaconda
127.0.0.1   localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4 one.matrix
::1         localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6 one.matrix
192.168.0.100  cell100.matrix      cell100
192.168.0.101  cell101.matrix      cell101
192.168.0.102  cell102.matrix      cell102
143.54.226.61  euler.mat.ufrgs.br  euler
143.54.226.118 hunter.mat.ufrgs.br hunter

Firewall

Foi necessário desativar o firewall do linux (configurar de maneira correta seria uma opção melhor, mas para o momento deixamos sem [3])

[root@one]$ systemctl status  firewalld
[root@one]$ systemctl disable firewalld

Se for necessário reiniciar use:

[root@one]$ systemctl enable firewalld

Veja em [4] ou mais antigos [5] e [6] e followups.

SELinux

Off no momento. Veja SELinux.

Usuários e grupos

Mudar o grupo 500 para grupo docentes e adicionar o grupo 501 alunos,

[root@one]$ groupmod -g 500 -n docentes dago
[root@one]$ groupadd -g 501 alunos
[root@one]$ grep 50[0-1] /etc/group
docentes:x:500:
alunos:x:501:

Escravo: Configurações

Update e Instalação

Não possui acesso a internet. Existem várias possibilidades, porém estou tentando o seguinte:

• Baixar os pacotes .rpm necessários na máquina mestre e copiá-los para a máquina escravo.

tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm
environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm
mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm 
mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm

• Importar as keys necessárias para instalar os pacotes (não instalou direito usando apenas rpm):

[root@cell100]$ rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-fedora-x86_64

ou melhor ainda, editar /etc/yum.conf para não reclamar sobre signature files

[root@cell100]$ vi /etc/yum.conf
..
gpgcheck=0
..

• Instalar usando yum

[root@cell100]$ yum localinstall tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm     --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm    --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates

Two cores ALIVE

grep -i core /proc/cpuinfo

model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 0
cpu cores       : 2
model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 1
cpu cores       : 2

Com o comanto htop podemos ver os processos rodando por cpu. Também top, atop.

Kernel

Último kernel instalado:

[root]$ uname -a
Linux one 4.8.6-300.fc25.x86_64 #1 SMP Tue Nov 1 12:36:38 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

Veja também

• Voltar a Minicluster
• Minicluster:Hardware

• http://www.linux.org/docs/ldp/howto/Beowulf-HOWTO/x49.html
• http://www.phy.duke.edu/~rgb/brahma//beowulf_book/beowulf_book.html
• http://www.westgrid.ca/support/software