Mudanças entre as edições de "Mnemo"

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Linha 8: Linha 8:
 
* Máquina do projeto: [[Thermaltake V6 BlacX]]
 
* Máquina do projeto: [[Thermaltake V6 BlacX]]
  
−
==Máquina==
+
==Descrição da Máquina==
−
 
 
−
Descrição de uma máquina:
 
  
 
MICRO COMPUTADOR Thermaltake V6 BlacX [https://www.compujob.com.br/produto-upgrade/pgabinetethermaltakev6dockingstation.ptml]
 
MICRO COMPUTADOR Thermaltake V6 BlacX [https://www.compujob.com.br/produto-upgrade/pgabinetethermaltakev6dockingstation.ptml]
−
*HP COMPAQ DC5800 Microtorre: [http://bizsupport1.austin.hp.com/bc/docs/support/SupportManual/c01363847/c01363847.pdf Manual DC5800]
+
; Processador: Intel Core [http://ark.intel.com/products/77781/Intel-Core-i7-4820K-Processor-10M-Cache-up-to-3_90-GHz?q=i7-4820 i7-4820K] @ 3.70GHz (4 cores)
−
*Processador Intel Core i7-4820K @ 3.70GHz (4 cores)
+
* L1 Data Cache 32KB x 4
−
*64GB de memória RAM, 8 pentes de Kingston 8192MB 1333MHz DDR3
+
* L1 Code Cache 32KB x 4
−
*1000.2GB de HD WDC WD10EZEK-00RKKA0 (SATA1)
+
* L2 Cache 256 kB x4  
−
*DVD HL-DT-ST (SATA5)
+
* L3 Cache 10240 kB
−
** L1 Data Cache 32KB x 4
 
−
** L1 Code Cache 32KB x 4
 
−
** L2 Cache 256 kB x4
 
−
** L3 Cache 10240 kB
 
−
 
 
  
−
* Rede:
+
; RAM      : 64GB= 8x 8192MB Kingston  1333MHz DDR3
−
* USB: Portas
+
; Placa mãe: ASUSTeK, P9X79 PRO
−
<!-- * Valor estimado : R$ 1.350,00 x 16 = R$ 21.600,00 -->
+
* Harddisk:
−
* [[Minicluster:Hardware:dmidecode]]
+
** 1000.2GB de HD WDC WD10EZEK-00RKKA0 (SATA1) (sda)
 +
** 2 x 120 GB Ata Kingston SV300S3            (sdb, sdc)
 +
; DVD HL-DT-ST (SATA5)
  
−
===Processadores===
+
; Placa Gráfica: 
−
* [http://ark.intel.com/Product.aspx?id=36503 Intel Core 2 Duo 7500] ou [http://processorfinder.intel.com/Details.aspx?sSpec=SLB9Z], 3M Cache, 2.93 GHz, 1066 MHz FSB
+
01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GK106GL [Quadro K4000] (rev a1)
 +
* [[Mnemo:dmidecode]]
  
 
=== vi /etc/hosts ===
 
=== vi /etc/hosts ===
  
−
  127.0.0.1       one.matrix      one    localhost.localdomain   localhost
+
  127.0.0.1   localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4
−
  ::1     one.matrix      one    localhost6.localdomain6 localhost6
+
  ::1         localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6
−
## retirada linha acima pois dois nodes achavam que eram one.matrix
 
−
## ::1  one.matrix      one    localhost6.localdomain6 localhost6
 
−
 
−
143.54.226.61  euler.mat.ufrgs.br  euler
 
−
143.54.226.118  hunter.mat.ufrgs.br hunter
 
−
 
 
−
192.168.0.50  switch
 
−
192.168.0.100 automato-eth0
 
−
 
 
−
192.168.0.108 cell108
 
−
192.168.0.109 cell109
 
−
192.168.0.110 cell110
 
−
192.168.0.111 cell111
 
−
 
 
−
192.168.0.112 cell112
 
−
192.168.0.113 cell113
 
−
192.168.0.114 cell114
 
−
192.168.0.115 cell115
 
−
 
 
−
192.168.0.116 cell116
 
−
192.168.0.117 cell117
 
−
192.168.0.118 cell118
 
−
192.168.0.119 cell119
 
 
   
 
   
−
  192.168.0.120 cell120
+
  143.54.226.118 hunter.mat.ufrgs.br hunter
−
192.168.0.121 cell121
+
  143.54.226.226 one
−
  192.168.0.122 cell122
+
  143.54.226.128 mnemo2
−
  192.168.0.123 cell123
 
  
 
===ifconfig===
 
===ifconfig===
−
* '''one'''
+
  em1:   inet  143.54.226.114 netmask 255.255.254.0   broadcast 143.54.227.255
−
      HWaddr            Hostname      inet addr:    Bcast:        Mask:        Link encap: inet6 addr:                Scope:
+
        inet6  fe80::76d0:2bff:fe28:547  prefixlen 64 scopeid 0x20<link>
−
  eth0 00:06:4F:61:C4:5A cellauto-eth0 192.168.0.100  192.168.0.255 255.255.255.0 Ethernet    fe80::206:4fff:fe61:c45a/64 Link
+
        ether 74:d0:2b:28:05:47 txqueuelen 1000 (Ethernet)
−
eth1 18:A9:05:E8:1E:16 one.matrix    143.54.226.166 143.54.227.255 255.255.254.0 Ethernet    fe80::1aa9:5ff:fee8:1e16/64 Link
 
−
eth2 00:0A:5E:5C:2C:04              192.168.0.100 192.168.0.255 255.255.255.0 Ethernet
 
  
−
  lo                                  127.0.0.1                    255.0.0.0    Local Loopback ::1/128                  Host
+
== Patrimônio e MAC ==
−
* '''cell101''' 
+
Patrim    MAC              host
−
  eth0 18:A9:05:E8:0E:B8 cell101      192.168.0.101 192.168.0.255 255.255.255.0 Ethernet    fe80::1aa9:5ff:fee8:eb8/64 Link
+
537403  74:D0:2B:28:05:47 mnemo1        143.54.226.114
−
  lo                                  127.0.0.1                    255.0.0.0    Local Loopback ::1/128                  Host
+
  537404  xx:xx:xx:xx:xx:xx  mnemo2        143.54.226.128
 +
  537...  xx:xx:xx:xx:xx:xx bulldog ???    143.54.226.xx
 +
  537... xx:xx:xx:xx:xx:xx  hostname      143.54.226.xx
  
−
Trocar ip do mestre
+
Monitores: patrimônio
−
  vi /etc/sysconfig/network-scripts/
+
XXXXXX, XXXXXX, XXXXXX, XXXXXX
−
* http://www.cyberciti.biz/faq/rhel-centos-fedoracore-linux-network-card-configuration/
 
  
−
== Patrimônio e MAC ==
+
==Instalando Fedora 20==
−
Patrim    MAC              host
+
A partir do DVD de instalação do Fedora 20 (downloaded in 20140220).
−
459706  ---              monitor
 
−
459707  ---              monitor
 
  
−
459708  18:A9:05:E8:ae:08  hostname      xxx.xxx.xx.xx
+
* Dar o boot via DVD
 +
* Testar a mídia (pode pular esse passo)
  
−
==Comando úteis: ==
+
* Escolher linguagem: English
 +
* Selecionar Ethernet: ON
 +
* Hostname:  mnemo1
  
−
* atualiza nomes e dados de placas (não fez diferença)
+
* Selecionar time zone: São Paulo
−
[user] update-pciids
+
* Escolher teclado:    Portuguese (Brazil)
 +
* Language Support:    English, português
  
−
* https://www.linuxquestions.org/questions/linux-networking-3/how-do-i-assign-switch-eth0-and-eth1-308008/
+
* Software Selection:
−
* http://writeonly.wordpress.com/2009/05/08/installing-a-reluctant-network-card-on-debian/
+
** GNOME Desktop,
 +
** LibreOffice
 +
** Admistration Tools
 +
** C Development Tools
 +
** Design Suite
 +
** Development Tools
 +
** Fedora Eclipse
  
  
  
  
−
==Fedora 20==
+
===Criando partições===
−
A partir do DVD de instalação do Fedora 20 (downloaded in 20140220).
+
* Selecione Installation Destination
 +
* Selecione os 3 drives
 +
* Clique em Full disk summary and bootloader
 +
** Selecione o disco sdb como boot device
 +
* Selecione: I want to review/modify my disk partitions before continuing
 +
** Partition scheme: Standard partition (parece que é necessário para SSD)
 +
** Clique Continue
  
−
* Dar o boot via DVD
+
Selecione o botao com um 'mais' e adicione as partições. (É necessário mudar o 'Name'. Utilize o botão com uma chave de fenda para mudar o device. (as vezes nao atualiza na hora).
−
* Testar a mídia (pode pular esse passo)
 
  
−
* Escolher linguagem: English
+
Name  Mount point  Label Capacity  FileSystem            Device Type       
−
* Escolher teclado: Brazilian (ABNT2)
+
sdb1  /boot/efi          250MB      EFI System Partition  Standard Partition 
−
* Escolher: Basic Storage Devices
+
sdb2  /boot              750MB      ext4                  Standard Partition 
−
* Selecionar o drive: (ATA ST32500318AS) com tamanho 238475 MB (Serial Number 9VY0K045)
+
sdb3  /                  51.2GB    ext4                  Standard Partition
 +
 +
sdc1  /swap              32.2 GB    swap                  Standard Partition
 +
 
 +
sda1  /home              900GB      ext4                  Stantard Partition
  
−
* Hostname: cell100.matrix (seguir com cell101,cell102,cell103,...,cell115)
 
−
* Selecionar time zone: São Paulo
 
 
* Fornecer senha root e confirmar.
 
* Fornecer senha root e confirmar.
 +
* Criar Usuario: dago
 +
** Make user administrator
 +
====Criar as partições automaticamente====
  
−
===Partições===
 
−
Criar as partições sem apagar as antigas ('''NÃO''' apagar a partição de Recovery que possui tamanho 16386 MB).
 
 
* Selecionar Create custom layout:
 
* Selecionar Create custom layout:
−
* A partição Windows será encolhida para 50000 MB.
+
/home    869.26 GB
−
** Selecione /dev/sda1.
+
/boot      1.0  GB
−
** Selecione ''Resize'' e o tamanho 50000 MB.
+
/boot/efi  200  MB
 +
/          51.2  GB
 +
swap      32.2  GB
 +
 
 +
===Pacotes===
 +
* habilitar ssh
 +
$ systemclt enable sshd
 +
$ systemctl start sshd
 +
 
 +
 
 +
* Começar com um update e restart
 +
$ su
 +
$ yum update
 +
continuar com os pacotes (verificar se todos foram encontrados)
 +
$ dnf install kile R-core
 +
$ dnf install blas lapack gcc-gfortran scilab
 +
$ dnf install vim emacs thunderbird
 +
$ dnf install yumex mc lshw lshw-gui atop htop
 +
$ dnf install freefem++
 +
$ dnf install kernel-tools                        #(para instalar Nvidia drivers)
 +
 
 +
===Placa Gráfica Nvidia===
 +
 
 +
 
 +
Veja dicas em [http://www.tecmint.com/install-nvidia-drivers-in-linux/]
 +
* Baixar drivers de http://www.nvidia.com.br/Download/index.aspx : Quadro K4000 Linux 64 bits, Performande e detalhes em [[http://www.techpowerup.com/gpudb/1841/quadro-k4000.html]]
 +
** Driver beta atual http://us.download.nvidia.com/XFree86/Linux-x86_64/340.17/NVIDIA-Linux-x86_64-340.17.run
 +
 
 +
;Desabilitando o driver nouveau:
 +
$ vi /etc/modprobe.d/blacklist.conf
 +
$ blacklist nouveau
 +
 
 +
; Crie um novo “initramfs” (crie backup)
 +
$ mv /boot/initramfs-$(uname -r).img /boot/initramfs-$(uname -r).img.bak 
 +
$ dracut -v /boot/initramfs-$(uname -r).img $(uname -r)
 +
$ reboot
 +
 
 +
* Logar como root (iniciar como modo 3)
 +
$ sudo init 3
 +
ou
 +
* Inicia a máquina com modo 3.
 +
** No grub , adicione no fim da linha abaixo o número 3 e reboot (F10):
 +
  linuxefi /vmlinuz-...    ... 3
 +
 
 +
Execute
 +
$ cd /home/user/Downloads
 +
$ chmod +x NVIDIA-Linux-x86_64-340.17.run
 +
$ ./NVIDIA-Linux-x86_64-340.17.run
 +
* Sign the kernel
 +
* Generate a new pair
 +
* Install signed kernel
 +
* Install 32 bit Nvidia (Yes)
 +
* Yes
 +
$ reboot
 +
 
 +
=== outros ===
  
−
* Criar partição '''/boot'''
 
−
** Clique em '''Create''' e '''Standard Partition'''.
 
−
** Em '''Mount Point''' selecione '''/boot'''
 
−
** Em '''File System Type''' selecione '''ext3''' ('''tem''' de ser do tipo '''ext3''')
 
−
** Em '''Size''' informe 1000 (MB)
 
−
* Criar partição '''swap'''
 
−
** Clique em '''Create''' e '''Standard Partition'''.
 
−
** Em '''File System Type''' selecione '''swap'''
 
−
** Em '''Size''' informe 5000 (MB)
 
−
* Criar partição '''/'''
 
−
** Clique em '''Create''' e '''Standard Partition'''.
 
−
** Em '''Mount Point''' selecione '''/'''
 
−
** Em '''File System Type''' selecione '''ext4'''
 
−
** Em '''Size''' informe 40000 (MB)
 
  
−
* Clique em '''Next''' e '''Write changes to disk'''
+
Reboot e desabilite o 'secure mode' na BIOS (F2)
−
  Em caso de falha, rodar no windows duas vezes
+
* Va em Modo avançado > boot > CSM (Compatibility Support Module)
−
chkdsk /f
+
** Launch CSM  (Disabled)
−
***https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=502422
 
  
−
* Confirme que '''Fedora''' é o sistema a ser carregado por Default.
+
=== Instalando CUDA ===
 +
[CUDA]
  
−
===Pacotes===
+
===Lista de pacotes extras===
 
* [[Linux:Pacotes]]
 
* [[Linux:Pacotes]]
  
Linha 163: Linha 191:
 
* Base System/Administration Tools
 
* Base System/Administration Tools
 
* base System/System Tools
 
* base System/System Tools
−
 
  
 
Outros (Head Node)
 
Outros (Head Node)
Linha 171: Linha 198:
 
* Applications/Java Development
 
* Applications/Java Development
  
 +
==Comando úteis: ==
  
 +
* atualiza nomes e dados de placas (não fez diferença)
 +
[user] update-pciids
  
−
===Welcome===
+
* https://www.linuxquestions.org/questions/linux-networking-3/how-do-i-assign-switch-eth0-and-eth1-308008/
−
Passos finais de configuração (depois de dar o boot)
+
* http://writeonly.wordpress.com/2009/05/08/installing-a-reluctant-network-card-on-debian/
−
* Forward
+
 
−
* Forward
+
 
−
* Crie um usuário comum: dago
+
 
 +
== Configuracoes ==
 +
* Dropbox
 +
Instale o dropbox, baixe o arquivo dropbox.py de https://www.dropbox.com/install e inicie automaticamente
 +
cd ~ && wget -O - "https://www.dropbox.com/download?plat=lnx.x86" | tar xzf -
 +
cd .dropbox
 +
wget https://www.dropbox.com/download?dl=packages/dropbox.py
 +
chmod +x dropbox.py
 +
./dropbox.py autostart y
 +
 
 +
 
 +
 +
cd ~ && wget -O - "https://www.dropbox.com/download?plat=lnx.x86_64" | tar xzf -
 +
mv
 +
** Para iniciar automaticamente
 +
to have it autostart, download the dropbox.py file per the link in the text. chmod +x it, then
 +
dropbox.py autostart y

Edição atual tal como às 15h57min de 16 de maio de 2016

Projeto Mnemo


  • 4 máquinas

O projeto consiste na obtenção de 4 máquinas com memória de 64 Gb para a execução de projetos que demandem tal capacidade.

Descrição da Máquina

MICRO COMPUTADOR Thermaltake V6 BlacX [1]

Processador
Intel Core i7-4820K @ 3.70GHz (4 cores)
  • L1 Data Cache 32KB x 4
  • L1 Code Cache 32KB x 4
  • L2 Cache 256 kB x4
  • L3 Cache 10240 kB
RAM  
64GB= 8x 8192MB Kingston 1333MHz DDR3
Placa mãe
ASUSTeK, P9X79 PRO
  • Harddisk:
    • 1000.2GB de HD WDC WD10EZEK-00RKKA0 (SATA1) (sda)
    • 2 x 120 GB Ata Kingston SV300S3 (sdb, sdc)
DVD HL-DT-ST (SATA5)
Placa Gráfica
01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GK106GL [Quadro K4000] (rev a1)

vi /etc/hosts

127.0.0.1   localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4
::1         localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6

143.54.226.118 hunter.mat.ufrgs.br hunter
143.54.226.226 one
143.54.226.128 mnemo2

ifconfig

em1:   inet   143.54.226.114  netmask 255.255.254.0   broadcast 143.54.227.255
       inet6  fe80::76d0:2bff:fe28:547  prefixlen 64  scopeid 0x20<link>
       ether 74:d0:2b:28:05:47  txqueuelen 1000  (Ethernet)

Patrimônio e MAC

Patrim    MAC              host 
537403  74:D0:2B:28:05:47  mnemo1         143.54.226.114
537404  xx:xx:xx:xx:xx:xx  mnemo2         143.54.226.128
537...  xx:xx:xx:xx:xx:xx  bulldog ???    143.54.226.xx
537...  xx:xx:xx:xx:xx:xx  hostname       143.54.226.xx

Monitores: patrimônio 

XXXXXX, XXXXXX, XXXXXX, XXXXXX

Instalando Fedora 20

A partir do DVD de instalação do Fedora 20 (downloaded in 20140220).

  • Dar o boot via DVD
  • Testar a mídia (pode pular esse passo)
  • Escolher linguagem: English
  • Selecionar Ethernet: ON
  • Hostname: mnemo1
  • Selecionar time zone: São Paulo
  • Escolher teclado: Portuguese (Brazil)
  • Language Support: English, português
  • Software Selection:
    • GNOME Desktop,
    • LibreOffice
    • Admistration Tools
    • C Development Tools
    • Design Suite
    • Development Tools
    • Fedora Eclipse



Criando partições

  • Selecione Installation Destination
  • Selecione os 3 drives
  • Clique em Full disk summary and bootloader
    • Selecione o disco sdb como boot device
  • Selecione: I want to review/modify my disk partitions before continuing
    • Partition scheme: Standard partition (parece que é necessário para SSD)
    • Clique Continue

Selecione o botao com um 'mais' e adicione as partições. (É necessário mudar o 'Name'. Utilize o botão com uma chave de fenda para mudar o device. (as vezes nao atualiza na hora). 

Name  Mount point  Label Capacity   FileSystem            Device Type         
sdb1  /boot/efi          250MB      EFI System Partition  Standard Partition  
sdb2  /boot              750MB      ext4                  Standard Partition  
sdb3  /                  51.2GB     ext4                  Standard Partition

sdc1  /swap              32.2 GB    swap                  Standard Partition
 
sda1  /home              900GB      ext4                  Stantard Partition
  • Fornecer senha root e confirmar.
  • Criar Usuario: dago
    • Make user administrator

Criar as partições automaticamente

  • Selecionar Create custom layout:
/home     869.26 GB
/boot       1.0  GB
/boot/efi   200  MB
/          51.2  GB
swap       32.2  GB

Pacotes

  • habilitar ssh
$ systemclt enable sshd
$ systemctl start sshd


  • Começar com um update e restart
$ su
$ yum update

continuar com os pacotes (verificar se todos foram encontrados) 

$ dnf install kile R-core
$ dnf install blas lapack gcc-gfortran scilab
$ dnf install vim emacs thunderbird
$ dnf install yumex mc lshw lshw-gui atop htop
$ dnf install freefem++
$ dnf install kernel-tools                        #(para instalar Nvidia drivers)

Placa Gráfica Nvidia

Veja dicas em [2]

Desabilitando o driver nouveau
$ vi /etc/modprobe.d/blacklist.conf
$ blacklist nouveau
Crie um novo “initramfs” (crie backup)
$ mv /boot/initramfs-$(uname -r).img /boot/initramfs-$(uname -r).img.bak  
$ dracut -v /boot/initramfs-$(uname -r).img $(uname -r)
$ reboot
  • Logar como root (iniciar como modo 3)
$ sudo init 3

ou

  • Inicia a máquina com modo 3.
    • No grub , adicione no fim da linha abaixo o número 3 e reboot (F10): 
 linuxefi /vmlinuz-...     ... 3

Execute 

$ cd /home/user/Downloads
$ chmod +x NVIDIA-Linux-x86_64-340.17.run
$ ./NVIDIA-Linux-x86_64-340.17.run
  • Sign the kernel
  • Generate a new pair
  • Install signed kernel
  • Install 32 bit Nvidia (Yes)
  • Yes
$ reboot

outros

Reboot e desabilite o 'secure mode' na BIOS (F2)

  • Va em Modo avançado > boot > CSM (Compatibility Support Module)
    • Launch CSM (Disabled)

Instalando CUDA

[CUDA]

Lista de pacotes extras

  • Selecione o conjunto de pacotes Software Development:
  • Selecione Customize now para escolher pacotes extras

Selecione os pacotes abaixo

  • Desktop Environments/XFCE
  • Desktop Environments/GNOME (ELIMINAR)
  • Applications/Editors/Emacs
  • Applications/Editors/vim
  • Applications/Graphical Internet/Firefox
  • Applications/Graphical Internet/java-1.6.0
  • Applications/Graphical Internet/Thunderbird
  • Applications/Graphics (0)
  • Development/Deveopment Tools/cmake
  • Development/GNOME Software Development (0)
  • Servers/Server Configurations tools
  • Base System/Administration Tools
  • base System/System Tools

Outros (Head Node)

  • Servers/MySQL
  • Servers/DNS Name
  • Servers/Windows File System
  • Applications/Java Development

Comando úteis:

  • atualiza nomes e dados de placas (não fez diferença)
[user] update-pciids


Configuracoes

  • Dropbox

Instale o dropbox, baixe o arquivo dropbox.py de https://www.dropbox.com/install e inicie automaticamente 

cd ~ && wget -O - "https://www.dropbox.com/download?plat=lnx.x86" | tar xzf -
cd .dropbox
wget https://www.dropbox.com/download?dl=packages/dropbox.py
chmod +x dropbox.py
./dropbox.py autostart y



cd ~ && wget -O - "https://www.dropbox.com/download?plat=lnx.x86_64" | tar xzf -
mv
    • Para iniciar automaticamente

to have it autostart, download the dropbox.py file per the link in the text. chmod +x it, then dropbox.py autostart y

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