Mudanças entre as edições de "Minicluster:Usuários"

Edição atual tal como às 13h29min de 16 de abril de 2012

• Configure o MPICH conforme [Minicluster:MPICH].

Conectando

• Conecte-se a alguma máquina do instituto (Ex. hunter,euler,...) utilizando o Putty.

• No terminal, conecte-se a máquina one:

[dago@hunter]$ ssh dago@one

• Crie um arquivo de configuração. Cada usuário deve ter um arquivo .mpd.conf no seu diretório /home/usuario/ e deve permitir acesso e leitura somente a este usuário.

[dago@one]$ cd
[dago@one]$ vi .mpd.conf
MPD_SECRET_WORD=yours3cr3tw0rd
MPD_USE_ROOT_MPD=yes
[dago@one]$ chmod 600 .mpd.conf

onde

• MPD_SECRET_WORD pode ser única para cada usuário.
• MPD_USE_ROOT_MPD especifica que usuários não irão iniciar se próprio mpd daemons, mas irão usar um já rodando iniciado pelo root.

• Verifique quais máquinas nós estão ativas (para nós ativos aparecem o último número do ip e para nós inativos aparece [ . ]):

[dago@one]$ pingcluster.sh
====================
=      MATRIX      =
====================
[108][109][ . ][ . ]
[112][113][ . ][ . ]
[100]  <- switch
[116][117][ . ][ . ]
[120][121][ . ][ . ]
====================

• Verifique os testes da sessão Minicluster:MPICH.

• Utilize o ssh para conectar-se a um dos nós ativos (nesse caso usamos o cell108) e utilize o comando mpdtrace para verificar se os nós ativos estão conectados através do mpd formando um anel (os números após o '_' devem mudar):

[dago@one]$ ssh cell108 -T "mpdtrace -l"
cell108_35232 (192.168.0.108)
cell121_55680 (192.168.0.121)
cell120_58236 (192.168.0.120)
cell117_35568 (192.168.0.117)
cell116_42441 (192.168.0.116)
cell113_39465 (192.168.0.113)
cell112_50931 (192.168.0.112)
cell109_45891 (192.168.0.109)

Ok. Nós ativos e conectados através do daemon mpd. Cluster pronto para ser usado em paralelo (Caso o mpdtrace não der nenhum resultado, tu não poderás usar o cluster em paralelo).

Digitando

Abra um editor de textos (por exemplo o vi ou emacs):

[dago@one]$ vi hellompi.f90

e digite o programa abaixo:

program hellompi
implicit none
include "mpif.h"
integer       ::  np, myid, ier,length
character*80  ::  nome

call MPI_Init( ier )
call MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, np,   ier)
call MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, myid, ier)
call MPI_Get_processor_name(nome,length,ier)

print *,"Sou o processo ", myid," de um total de ", np," rodando em ",nome

call MPI_Finalize( ier )
end program

Compilando

• Conectado a máquina one, compile o programa (não compile conectados aos nós para não sobrecarregá-los):

[dago@one]$ mpif90 hellompi.f90 -o hellompi

Rodando em um processador

Para rodar existem duas opções:

• Conecte a um nó e inicie o comando mpiexec neste nó:

[dago@one]$ ssh dago@cell108
[dago@cell108]$ mpdtrace -l
cell108_41888 (192.168.0.108)
cell109_42454 (192.168.0.109)

[dago@cell108]$ mpiexec ./hellompi

• Utilize o comando ssh para rodar o comando mpiexec no nó:

[dago@one]$ ssh cell108 -T "mpiexec ./hellompi"

Rodando no cluster

• Para rodar em 4 processadores (2 máquinas x 2 processadores), conecte-se a um dos nós e execute mpiexec

[dago@one] $ ssh dago@cell108
[dago@cell108]$ mpiexec -l -n 4 ./hellompi
2:  Sou o processo 2  de um total de            4  rodando em cell109
0:  Sou o processo 0  de um total de            4  rodando em cell108
1:  Sou o processo 1  de um total de            4  rodando em cell109
3:  Sou o processo 3  de um total de            4  rodando em cell108

• ou utilize o comando ssh para rodar diretamente no nó cell108

[dago@one] $ ssh cell108 -T "mpiexec -l -n 4 ./hellompi"

Usando o MPE

• Para compilar o programa:

 [dago@one]$ mpif90 hellompi.f90 -o hellompi -mpe=mpilog

• Para rodar o programa:

 [dago@cell108]$ mpiexec -l -n 4 ./hellompi 

• Depois de rodar o programa, um arquivo Unknows.clog2 foi criado. Para visualizar a iteração entre os computadores:

 [dago@one]$ jumpshot Unknown.clog2

• Veja sobre visualizadores em http://www.mcs.anl.gov/research/projects/perfvis/software/viewers/index.htm

Problemas:

1) mpdtrace resulta vazio

Caso as máquinas não estejam conectadas através do mpd, o usuário pode formar ele mesmo um anel (Comunique ao Prof.Dagoberto por email para que possa iniciar o serviço). No momento, crie um arquivo ~/.mpd.hosts com os nós ativos (2 máquinas nesse exemplo):

[dago@cell108]$ vi ~/.mpd.hosts        
cell108:2
cell109:2

e inicie um anel

[dago@cell108]$ mpdboot -n 2 -f ~/.mpd.hosts

Verifique se funcionou.

[dago@cell108]$ mpdtrace -l
cell108_41199 (192.168.0.108)
cell109_52092 (192.168.0.109)